Actualización Net.Framework 3.5 y curiosa ubicacióde archivos AMD64

Tengo dos SO Windows XP instalados , en particiónes separadas C y D, en la
misma máquina. Hoy he instalado la actualización de prioridad de Windows,
Net.Framework 3.5 sp1, en ambos SO.

Lo curioso es que el directorio conteniendo las carpetas AMD64 y ¡386 se
ha ubicado, con nombres diferentes, de forma doble en el disco C,
perteneciendo respectivamente a la actualización del SO de C y a la
actualización del SO de D.

Entiendo que para que los dos SO fueran totalmente independientes ¿los
archivos AMD64 y ¡386 de la actualización net.framework 3.5 instalada en
D, tendria que apuntar a D no a C? Pues, en caso de fallar el SO de C,
¿fallaría la aplicación net. en D?

NOTA: El SO instalado en la partición C, a diferencia del SO instalado en
D, contiene los archivos AUTOEXEC, MS2, Bootfont, IO y CONFIG. (aparte de
los de arranque que se encuentran en ambos)

Podeís aclararme este punto.